正教派并没有经历宗教改革，而且基督新教派教会对正教派的态度从开始就一直不明确。两边开始时维持着一种热忱和友善的关系，但是基本的教条神学歧见仍是突显了出来，尤其是关于神圣传统，圣灵/圣神由父子分出、自由意志、神圣预定、称义（释罪）、圣礼/圣事的数目、洗礼（正教派的“全部浸在水里”相对于马丁·路德的“用撒或是淋水”）以及是否要如同东正教教堂正教派的“在洗礼后马上施行圣油礼和圣餐礼/圣体圣事”，圣餐礼变动的意义以及使用未发酵的面包，教会和大公会议的无错误，崇敬，盛宴，对圣者、圣者塑像和遗物的祈祷，斋戒和其他教会的传统。由于这些歧见，最终导致两者停止来往。