在拜占庭帝国时期，东正教是帝国国教，它在很大程度上依附于世俗政权，大主教的任免，主教会议的召开，对教义的解释，均由皇帝控制掌握。日常领导则由牧首负责。早期主要牧首区有4个，即君士坦丁堡、亚力山大里亚、安提阿和耶路撒冷。15世纪拜占庭帝国灭亡后，各国家、地区和民族先后成立自主教会。16世纪末，莫斯科都主教脱离君士坦丁堡自立，建立牧首区，形成使用斯拉夫语的俄罗斯正教会，东欧各国正教亦陆续宣布自主。各自主教会在法规和行政方面有独立自主权，并可自选大主教，但彼此之间在信仰和圣事上是共同的。东正教自主教会有15个，即君士坦丁堡正教会、亚历山大正教会、安提阿正教会、耶路撒冷正教会、俄罗斯正教会、格鲁吉亚正教会、塞尔维亚正教会、保加利亚正教会、罗马尼亚正教会、塞浦路斯正教会、希腊正教会、阿尔巴尼亚正教会、波兰正教会、捷克斯洛伐克正教会、美国正教会，另外在日本和芬兰也有自治教会。20世纪60年代，东正教各教会曾联合召开了几次世界性会议，讨论使其教义、礼仪符合时代要求，与罗马天主教平等对话以及参加“普世教会运动”等问题。
　　东正教不承认罗马教皇的权威和领导，它自设牧首区，牧首区下辖数个首府主教区。主教区首脑为主教，以下是司祭和辅祭。东正教各牧首区承认君士坦丁堡牧首为“普世教会牧首”，是教会的精神领袖。但这仅仅是一个荣誉地位，普世牧首并不对其他牧首区具有任何实际的领导权。
　　君士坦丁堡牧首区 原为东派教会首席大主教区。相传使徒安德列始建主教座于此。牧首区首脑驻节座堂。从1586年后，设在伊斯坦布尔北部法那尔的圣乔治教堂（见希腊正教会）。
　　亚历山大里亚牧首区 早期东派教会四大主教区之一。相传圣马可始建主教座于此。总会现设在希腊基菲西亚（见希腊正教会）。
　　安提阿牧首区 早期东派教会四大主教区之一。相传使徒彼得始建主教座于此。现在总会设在大马士革(见希腊正教会)。
　　耶路撒冷牧首区 早期东派教会四大主教区之一。相传耶稣的弟兄雅各始建主教座于此。管辖巴勒斯坦的正教会（见希腊正教会）。
　　俄罗斯正教会 在正教传统的尊称排列上,位居第五。1589年取得自主地位。以后在北美、芬兰、日本、朝鲜和中国相继建立隶属其管辖的教会和教区。俄罗斯正教有其自身的一些特点。目前实行牧首制，总会设在莫斯科。崇拜礼文使用教会斯拉夫语。
　　格鲁吉亚正教会 4世纪时格鲁吉亚教会属安提阿大主教区范围。据史载,罗马皇帝芝诺在位时,它取得自主地位，并得到安提阿牧首“漂布者”彼得的同意。此后，格鲁吉亚教会首脑尊称为卡托利科斯。1801年，格鲁吉亚并入俄国，该教会也于1817年受俄罗斯正教会委派的督主教管辖。俄国十月革命后，教会重建自主的卡托利科斯。
　　塞浦路斯正教会 正教中古老的自主教会之一。教会在塞浦路斯的希腊民族独立运动中起了领导作用（见希腊正教会）。
　　塞尔维亚正教会 其所属教区大部在今南斯拉夫的塞尔维亚和马其顿境内。辖 31个教区(其中3个在北美)。
　　保加利亚正教会 927年,保加利亚教会成为大主教区，属君士坦丁堡教会管辖。在保加利亚被奥斯曼土耳其统治的500年中,君士坦丁堡牧首通过希腊神职人员管理该教会。1870年成立的保加利亚督主教区，直到1945年才为君士坦丁堡牧首所承认。1953年牧首区恢复。目前有12个教区。
　　罗马尼亚正教会 1865年，罗马尼亚的自主教会成立。1885年得到君士坦丁堡普世牧首承认。1925年罗马尼亚正教会成立牧首区。1950年，特兰西瓦尼亚的东仪天主教徒重返东正教。现有12个教区。礼仪使用罗马尼亚语。
　　波兰正教会 1924年建立。原属俄罗斯莫斯科牧首区管辖。1948年莫斯科牧首同意其自主。
　　希腊正教会 一般称希腊教会。在拜占庭帝国和奥斯曼土耳其帝国时期，希腊正教会都属君士坦丁堡普世牧首管辖。1850年，普世牧首承认其自主地位。希腊独立以后，希腊正教成为希腊国教。最高首脑称雅典和全希腊大主教。
　　捷克斯洛伐克正教会 19世纪,捷克地区建立正教会。1910年,有信徒千余人。1918年奥匈帝国解体后,塞尔维亚正教会牧首在波希米亚和摩拉维亚组建正教会。1921年，在喀尔巴阡山区设立穆卡切沃教区。第二次世界大战后，穆卡切沃地区并入苏联。同时，在苏联乌克兰伏尔希尼亚地区的 1万名信仰正教的捷克移民回到捷克斯洛伐克。现有4个教区。1951年,俄罗斯莫斯科牧首区承认其自主地位。阿尔巴尼亚正教会 原属君士坦丁堡普世牧首管辖。
　　1937年取得自主地位。
　　美国正教会　1794年俄罗斯正教会传教士在当时尚属俄国的阿拉斯加建立教会。1872年，在旧金山建立第一座属俄罗斯正教会的主教座堂。1890年，北美已有50万信仰东正教的俄罗斯移民。1905年，教区中心迁纽约。俄国十月革命后，美国正教会与俄罗斯正教会断绝关系。一些非俄罗斯民族的东正教会纷纷与本民族的自主正教会或君士坦丁堡普世牧首区联系。1922年，君士坦丁堡普世牧首区在美国建立希腊正教大主教区。美国正教会就此分成众多按民族划分的教区，并于1924年宣告自治。在这以后，美国都主教区事实上已经自主。1970年美国自主教会建立。1978年信徒人数约100万。包括近500个牧区。祈祷仪式大都使用英语。除美国正教会外，在北美还有属于君士坦丁堡牧首区管辖的希腊正教会和乌克兰正教会。日本正教会 1872年俄罗斯正教会传教士尼古拉·卡萨特金在日本建立。1945～1970年间，属美洲俄罗斯都主教管辖。1970年，莫斯科牧首承认其自主教会的地位。
　　西奈正教会 东正教中最小的自主教区，实际上只辖有圣凯瑟琳修道院，修士20余人。该院现保存有大量早期基督教希腊文羊皮卷手稿（见希腊正教会）。
　　芬兰正教会 自治教会。按教会法典规定，自治教会的大主教由所属牧首区指定。教会事务中，除与其他教会的关系外，教会均可自主决定。奉正教的芬兰人多源于卡累利阿。1919年，莫斯科牧首区同意它有自治地位；1923年作为自治教会转入君士坦丁堡普世牧首治下。教义特点 ①信守前七次公会议信条,不承认以后天主教所举行的历次公会议。在“和子句”问题上，东正教继承东派教会的观点，认为此乃是对《尼西亚信经》的篡改;②关于救赎论,注重道成肉身,认为人之得救,在于把有罪必死之人，通过与道成肉身的基督神秘联合而变成属于神的、不死的生命。在东正教神学中，很少有涉及人性本原败坏的内容，因此不十分强调赎罪论。关于恩典和原罪论，东正教的观点和奥古斯丁的预定论有所不同。东正教认为每一个人都在亚当的罪中犯了罪，拯救既要依靠自身，也要依靠天主，首要的是自身必须择善，天主才能帮助他们。善功只是条件，并不具有得救的效用，只有靠天主的恩典才能获得重生和得救。圣事中基督的血所生的救赎作用，是给予一切人的，凡愿意接受信仰和洗礼的，都可以得救。认为凡是愿意敬奉天主的，都可得到报偿；③特别重视对圣母的崇拜。三一论确立后，对圣母的崇拜，反映了信仰者需要一个可靠的“中保”思想，童贞女马利亚就成了最理想的对象。在东正教中，圣母的名称有数十种。在东正教各自主或自治教会中，有许多以圣母命名的教堂。