关于教会的组织，东正教和天主教都一贯实行主教制。在英格兰，尽管经过教改运动和革命，清教徒和独立派的反对虽然十分激烈，但是，从使徒时代一脉相承的主教制的理论和实践都原封不动地由圣公会保存下来。瑞典国教信义会保留主教制。在德国福音会（在信仰上属信义宗和归正宗）主教制已在宗教改革运动时废除。苏格兰长老会以及北美洲的各长老会还有许多清教派别都采用长老制，形式上类似民主共和政体。公理制强调由各个教会独立自主地进行传教、礼拜、管理和行政等方面的事务。