325年尼西亚公会议以后，以君士坦丁堡为中心的东派教会和以罗马为中心的西派教会间，因政治、经济、文化上的差异,矛盾逐渐尖锐。330年君士坦丁一世迁都君士坦丁堡后，两派在谁居教会首席地位的问题上，争斗愈烈。以后历经6～8世纪的“和子句纠纷”和9世纪的佛提乌分裂,以及11世纪东西教会对意大利南部教会控制权的争夺，1054年终于酿成东西教会大分裂。
　　东派教会自9世纪起,已逐渐向保加利亚、基辅罗斯等国发展。1054年后，拜占庭国势日益衰落，罗马教会继续谋求居整个基督教世界首席的地位。1096年教皇乌尔班二世组织十字军东征。1204年，第四次十字军攻占君士坦丁堡。1206年，东正教普世牧首区被迫迁往尼西亚。1261年，拜占庭皇帝弥迦勒八世帕利俄罗戈斯收复首都，牧首区迁回君士坦丁堡。
　　12世纪后，拜占庭帝国外忧内患频仍。东派教会原有的四大主教区已有两个（安提阿和亚历山大）为穆斯林占领，另一主教区耶路撒冷则为十字军建立的拉丁王国所占。15世纪30年代，奥斯曼土耳其帝国对拜占庭发动进攻，君士坦丁堡向西方求救，教皇尤金四世乘机于1438年召开佛罗伦萨公会议，旨在使东方教会屈服，确立教皇在基督教内的首脑地位。君士坦丁堡普世牧首约瑟二世率领东正教会代表 700人参加。会议就炼狱、和子句等教义问题展开争论。由于东正教会让步,次年7月会议签署通过东西教会合一决议，确认教皇为“基督在世代表”，具有全权地位。史称佛罗伦萨合一。后因东派教会内反对派的抵制，迫使参加会议的东派代表声明签字无效，合一终于没有成功。
　　1453年拜占庭帝国灭亡，君士坦丁堡成为奥斯曼土耳其帝国的首都。苏丹出于政治考虑，对东正教会采取宽容政策，承认君士坦丁堡普世牧首为被征服的东正教徒总管，其监管范围包括东正教会四大牧首区。奥斯曼土耳其帝国以伊斯兰教为国教，君士坦丁堡牧首虽自称具有普世性，实际上处于被征服地位。16世纪以后，一些国家、地区和民族的正教会先后成立自主教会。君士坦丁堡正教会在督管区基础上成立。1589年，俄罗斯正教会取得自主地位，建立牧首区。以后，使用俄罗斯正教礼仪的教会，常通称俄罗斯正教。