东正教和其它基督教派别一样，亦来华宣教。据《旧唐书·拂菻传》记载“开元七年正月，其主遣吐火罗大首领献狮子、羚羊各二。不数月，又遣大德僧来朝贡。”拂菻是大秦的别名，大秦即拜占廷帝国。大德僧指的应该是传教士。如记载属实则说明当时的君士坦丁堡教会派遣传教士来华。只是这还不能证明东方教会在唐朝时已进入中国，此问题还有待学者深入研究、探讨。
　　东正教入华时间始于17世纪，1665年，以切尔尼柯夫斯基为首的沙俄武装人员侵占中国黑龙江左岸的雅克萨地区，竖木建堡。俄军随军修士、基廉斯克修道院长叶尔莫根在该地建基督复活教堂。1671年，他又在该地磨刀石山建立仁慈救世主修道院。
　　清军收复雅克萨后，一部分俄国战俘被押至北京，编在满洲镶黄旗第四参领第十七佐领，驻地在北京城东北角胡家圈胡同。为照顾战俘的信仰，康熙帝准许随军修士大司祭马克西木为战俘们举行宗教仪式，清政府将该胡同内一关帝庙，改建为东正教堂，取名“索菲亚教堂”。因堂内挂有圣·尼古拉圣像，故该堂又称为“尼古拉教堂”。1695年，该堂会得到俄罗斯东正教会的承认。1700年6月,沙皇彼得一世发出派遣俄罗斯东正教会驻北京传教士手谕。1715年得到康熙帝同意，俄国正教会正式派遣传教士团驻北京。次年，司祭伊拉利翁诺夫带领传教团抵达北京，进驻尼古拉堂。不久，建立北京东正教总会。1732年，传教士团又在东交民巷兴建“奉献节教堂”。
　　1715年到1858年期间，共有十三届俄罗斯传教士团进驻北京。其中1858年前的13届传教士团均由沙俄政府直接委派（从1807年起，沙俄外交部向每届传教士团委派监护官）。由于俄国东正教会始终无法摆脱皇权的控制，因而使福音事工受到很大拦阻，在近150年间，仅有200名教徒入教。部分神职人员甚至沦为“恺撒的附庸”，负责收集情报资料，充当沙俄政府的参谋，逼迫清政府签订不平等的《瑗珲条约》和《北京条约》。
　　1858年以后，驻北京传教士团改由俄罗斯正教最高宗教会议派遣（共派遣五届传教士团来华）。其外交职能改由俄国派驻的外交公使办理。华东正教会摆脱了皇权的束缚，开始大规模在中国内地宣教, 1900年前后，陆续在哈尔滨、沈阳、旅顺、上海、天津、青岛、新疆,以及河南省卫辉等地建立教堂。培养中国籍神职人员。据统计,在1917年前，属俄罗斯正教驻北京传教士团的机构，有教堂37座，神学院1所，男、女学校20所，气象台1座，图书馆、工厂等企事业机构46家,拥有教产150万卢布。受洗的中国籍居民逐年增加。教会还出版《中国福音报》。1864年修士大司祭古里·卡尔波夫翻译了《新遗诏圣经》（即：新约）此后，东正教传教士卡法罗夫又将诗篇译成中文，称“圣咏经”。此为东正教唯一的《圣经》汉译工作。
　　俄国十月革命后,白俄人员大量流亡中国,教徒人数骤增。1922年，驻北京传教士团更名为中国东正教会北京总会，并断绝同苏俄控制下的莫斯科正教会的关系，归属流亡在塞尔维亚卡尔洛瓦茨的俄罗斯正教国外临时主教公会管辖（此会曾派两届传教士团来华）,并相继在哈尔滨、上海、天津、新疆等地设立4个主教区。1923年东北各地有教堂38座，仅哈尔滨主教区就有信徒约30万人，几乎都是白俄流亡者。抗战爆发后，1938年在东北各地有教堂、修道院和祈祷所共67座，信徒急剧下降至2.5万人（其中哈尔滨市有1万人），神职人员为155人。1945年抗战胜利后,中国东正教会北京总会和哈尔滨主教区、新疆教区同设立在慕尼黑的俄罗斯正教临时主教公会断绝关系，归属莫斯科牧首区。但遭上海教区主教伊凡和天津教区奥西波夫反对。
　　1949年后，由于中、苏之间的特殊关系，在华东正教会并未受太大影响。直到1955年10月，莫斯科牧首区牧首阿历克谢一世、伊拉列昂大主教和尼古拉修士大司祭到上海召开中国东正教各教区主教和负责人会议，讨论中国东正教会自主问题。中国教区主教被邀请到中央人民政府宗教局会谈，他被告知：外国组织不能继续掌管中国教会事务，这项职权将由宗教局掌任，所有教士的任命和调动都要经宗教局核准，督主教区必须终止运作。遵牧首的命令，尼堪德尔于1956年2月离开哈尔滨。1956年4月，国务院任命修士大司祭瓦西里·姚（姚福安）为北京主教，也是事实上的中国正教会临时监管，维克多总主教被要求将北京教区的所有教务教产交给瓦西里主教。在宗教局对中国正教事务做出相关承诺后，同年3月，教会房产被无偿地转手给中国政府，而动产则被交给中华正教会中指定的华籍司祭，教会附属事业被苏联大使馆接收。
　　文化大革命前夕，中国所有的东正教会停止了一切活动。文革后，才逐步恢复。现在，全中国仅有一万三千多名东正教徒，绝大部分为俄罗斯族，他们主要生活在黑龙江、内蒙古、新疆和北京等地。东正教至今仍没有得到中国政府的承认，但官方默许“中国正教会”进行活动，目前包括哈尔滨、额尔古纳、乌鲁木齐和伊宁4个堂区。有13名来自北京、河北、黑龙江、内蒙古、上海和天津等地的中国东正教信徒正在俄罗斯的莫斯科神学院、斯列坚斯卡亚神学院和圣彼得堡神学院学习。