藏族人民生活在众多的苯教神灵之中，相应地出现了人——神相处关系的特殊形式即宗教禁忌。这些禁忌涉及到藏人社会生活的诸多领域，成为藏人必须遵守的行为准则。对禁忌产生的根源，宗教学家、人类学家在理论上有不同的看法，其中较为一致的观点是禁忌源 于原始初民对神圣事物和凡俗事物的划分。禁忌和神圣物之间的关系体现为：“禁忌观念是神圣观念的本质规定性，有神圣观念就必然有相应的禁忌规定，而没有禁忌规定，神圣物就必然于普通凡俗之物无异而不复成其为神圣。”⑨既然人们对神圣物和神秘力量在观念上有所反映，在体验上就感受到了和普通俗物的不同情感，表现为恐惧、尊敬等心理状态。在这种心理状态下，人们和这些神圣物发生关系时，往往对自己的行为加以限制和禁忌规定。因而，禁忌的本质是“人们信仰和崇拜神秘的异已力量和神圣的宗教对象的一种宗教行为。”⑩在这里要注意的是，宗教行为的动力归结到单一的心理状态是不足取的，还要和世界观、传统教育等社会因素联系起来。否则，恐惧、惊奇、尊敬等心理状态不会导致宗教行为。

禁忌的产生根源决定了其本身的消极性。在禁忌中，神灵是威严的，藏人是谦卑的，前者是主动的，后者是被动的。藏人竭力限制自己的行为，以免冒犯神灵，而神灵稍有不满则可以降灾于人。在这种严厉的关系中，藏族人民以禁忌的形式防范着某种于己有害的结果发生。从而，禁忌成为藏人宗教生活中常见的现象。宗教禁忌在各个民族和社会整体中表现形式多种多样，有语言禁忌、行为禁忌、饮食禁忌等。其中饮食禁忌是最常见、最重要的禁忌的形式。

藏人在饮食中忌讳吃鱼，民间对此有多种解释，其中较有说服力的说法是：这种禁忌和苯教“三分世界”的认识观有关。苯教视鱼、蛇、蛙等水中牲灵皆为地下世界的“龙族”——地下神灵的象征物。既然是“龙族”自然成了神圣的神灵。在藏人的传说和神话中有许多关于某人救了一个即将杀害的“龙族”而得到了人间不能得到的回报的故事。虽然有因果报应的思想，但不是主要的，更多的则是苯教神灵对藏人“违则疾至、敬则福至”的警告。苯教认为，如果有人胆敢杀害鱼类，就会得各种皮肤病，甚至瘫、痴。在藏区，禁忌往往和某种疾病或自然灾害联系起来，疾病成为慑藏人和传达神灵意志的信息载体。神灵的威力通过惩罚性的疾病中表现出来。不仅是地下的“龙族”和疾病有联系，冲撞地地上的“年”神，“也会小型染疾，大至死亡”人人皆畏的瘟疫在藏区就直接称为“年”病。医疗极其落后的藏区，对疾病的恐怖心理恰好是神灵出现的空白。

藏人认为冒犯了“龙族”的时候，就选择夜深人静的午夜（龙族往往是夜间活动）到泉眼边进行规模较小的仪式，请求原谅、恩赐平安。由于对“龙族”的祭祀，泉眼也成了藏人禁忌的对象，藏人从无缘无故喷出的泉水中得到启示，认为泉水从地下世界而来是“龙族”对人类的恩赐，也是“龙族”生活的场所。因而泉眼成为神圣的场所，藏人忌讳往泉水里扔脏或带血的东西。一般祭祀“龙族”的仪式都在泉眼边举行，干旱时求雨的仪式也常在泉眼边举行。

这种对神圣地点的禁忌，如举行宗教仪式的场所、圣殿、寺庙、宗教发端的圣地，……等都被视为与其它地方不同的神圣不可侵犯之地，有相应的禁忌规定。这种禁忌，在藏人的生活中还表现在对灶台神的态度。在烧水作饭的时候，先仔细检查燃料中是否掺有所谓的脏物即狗屎、鞋底、毛发和鸡毛等，若烧了这些东西就认为冒犯了灶神得弥补过错。每遇到这种情况，在灶膛或周围放些艾蒿、糌粑等祭物，以示赎罪请求息怒、赐安顺和福气。

苯教诸神与人的关系中，依附于人本身的“战神”和“阳神”的禁忌是很有特色的。苯教认为人的身体接触不洁之物或者过度恐惧，就会使依附于人体的两神远离人体，肉体就会死亡。据《吐蕃王统世系明鉴》记载，直贡赞普与臣下比试武艺。罗阿达孜诱他将一只死狐搭在右肩，将一只死狗搭在左肩。结果“战神”和“阳神”通过死狐死狗离开了他的身体，直贡赞普被杀。

苯教通过种种禁忌，强化了神灵的神秘性，把神灵置于神秘莫测，神圣不可侵犯的地位。藏人从禁忌中处处感觉到神的威力、神的存在。同时也体验着神灵赋予的某种宗教感情。这是苯教在民间经久不衰的另一个因素。